アフタ（浅い潰瘍）が単発的にできる口内炎（孤立性アフタ）の多くは原因が不明で、確立された予防法はない。山村幸江・東京女子医科大講師（耳鼻咽喉（いんこう）科）によると、孤立性アフタの多くは、何も治療をしなくても、１週間から１０日程度で治る。ただし、数日間は舌や食べ物などが患部に当たると強い痛みがある。自分でできるケアは「アフタのある場所をできるだけ刺激しないことと、口の中を清潔にすること」（山村さん）。しみて歯磨きができないときは、うがいだけでもする。汚れを洗い流すことが目的なので、必ずしもうがい薬を使う必要はない。うがい薬や冷たい水道水がしみる場合は、ぬるま湯を使う。
併せて、市販のアフタ用の軟膏（なんこう）や貼り薬を使い、炎症を抑えるとともに、アフタ表面を保護して食べ物などをしみにくくする。うがいなどで患部を清潔にしたうえで、毎食後と寝る前に綿棒を使って塗るといい。
山村さんは「２週間程度たっても症状が改善しないと、医療機関を受診した方がいい」と話す。虫歯治療のかぶせ物などが常時炎症部分に当たり治りにくくなっている場合もある。医療機関では軟膏、口の中に噴霧するタイプのステロイド薬、重症の場合は痛み止めの飲み薬が処方されることもある。
決まった場所ではなく、あちこちに頻繁にアフタができる人は全身の病気も疑われるが、「アフタの多発」というだけで、明確な診断がつかないことも多い。だが、例えば、睡眠が十分に取れないとき、女性の場合は生理周期によって決まった時期にできる人もいる。発症しやすい状況を確認しておくと、生活習慣の改善によって予防につながる可能性がある。